在安全性能设计上，除了定期更换通风柜内部的净化物质和定期清洁管道内的淤积物之外，外形和内部的设计也需要斟酌考虑，才能够让通风柜的设计更为科学合理。

通风柜的排风装置应该使用狭缝式排风装置，保证排出的有毒气体不会影响到正在进行试验的科研人员并且准确经过通风排放净化管道，让通风柜的净化效果达到更佳。

着重强化表面的玻璃强度，因为玻璃视窗是透过通风柜观察实验对象的方法，而这里是容易受到损坏的地方，所以通过加强玻璃表面。

使用钢化玻璃材质能够地保障玻璃视窗在发生意外状况，不至于受到爆炸损伤或者酸性腐蚀。

安全性能对于实验室通风系统来说，是需要保障的一点属性，因为原本就应用于安全领域的通风柜如果出现安全事故那么对实验和科研人员造成的损害是不堪设想的。

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